2001年12月，南宁市部分行政区划调整后，江南区开始接管农村工作，成立江南区农业工作办公室和农业服务中心，同月，农业工作办公室更名为农林水利局，在农林水利局挂农业工作办公室。农业服务中心内设农业站、林业站、水利站、经管站、畜牧站、农机站、扶贫办。2002年8月城区成立乡镇企业管理机构，在农林水利局加挂乡镇企业管理局牌子。2002年12月成立江南区扶贫开发领导小组，扶贫开发领导小组办公室设在农林水利局。2004年8月，成立江南区水产畜牧局。2004年7月机构改革时，将农林水利局的乡镇企业管理职能进行整合，乡镇企业管理局牌子不再挂在农林水利局。2006年6月16日，江南区农业服务中心增挂江南区农村能源办公室牌子。2007年9月，农村能源办公室参照公务员法管理。2010年1月29日，组建江南区农业林业水利局（增挂城区水产兽医局、城区扶贫开发办公室牌子），不再保留江南区农林水利局、江南区水产畜牧兽医局、江南区扶贫开发领导小组办公室。原江南区农林水利局、江南区水产畜牧兽医局下属单位划归江南区农业林业水利局管理。森林防火指挥部办公室和防汛抗旱指挥部办公室设在江南区农业林业水利局。江南区农业林业水利局二层机构单位有江南区农业服务中心（江南区农村能源办公室）、江南区动物卫生监督所（动物疫病预防控制中心）、龙潭水厂、那齐电灌站、扬美电灌站、六思水库管理所、六冬水库管理所、天堂水库管理所、苏圩镇水产畜牧兽医站、延安镇水产畜牧兽医站、江西镇水产畜牧兽医站、沙井街道水产畜牧兽医站12个单位。江南区农业林业水利局编制20人，2010年实有20人。江南区农业服务中心（农村能源办）编制20人，2010年实有20人。江南区动物卫生监督所（动物疫病预防控制中心）编制10人，2010年实有8人。2014年江南区农业林业水利局加挂南宁市江南区扶贫开发办公室牌子（不再加挂江南区水产畜牧兽医局牌子），二层机构单位有江南区农业服务中心（江南区农村能源办公室）、江南区动物卫生监督所（动物疫病预防控制中心）、江南区农业行政综合执法大队、江南区农业机械安全监督管理站以及水管单位、镇（街道）水产畜牧兽医站。2014年，江南区农业林业水利局编制14名，实有14人；江南区农业服务中心（农村能源办）编制20名，实有19人；江南区动物卫生监督所编制20名（从南宁市动物卫生监督所划拔10人带编过来），实有19人；江南区农业行政综合执法大队编制4名，实有2人；江南区农业机械安全监督管理站编制7名，实有4人。2018年，江南区农业林业水利局编制14名，实有14人；江南区农业服务中心（农村能源办）编制20名，实有16人；江南区动物卫生监督所编制20名（从南宁市动物卫生监督所划拔10人带编过来），实有20人；江南区农业行政综合执法大队编制4名，实有4人；江南区农业机械安全监督管理站编制6名，实有7人。江南区河长制办公室编制3人 实有1人。